La Huaca de la Luna (95x85x25metri) costituisce la controparte visuale e cerimoniale della Huaca del Sol e di compone di tre complessi cerimoniali indipendenti, ognuno con un proprio sistema di ingressi limitati, cortili recintati e sale ricoperte da tetti. I suoi muri possiedono bassorilievi e pitture policrome che sembrano essere create da poco. La maggioranza degli ambienti, oggi protetti da tetti e provvisti di passerelle, puo' essere visitata. Le facciate successive del tempio sono decorate con bassorilievi che rappresentano immagini di divinita'con bocche animalesche con denti canini e capigliature a forma di serpenti mostruosi con teste di uccelli acquatici.

Una simile divinita' e' rappresentata in piedi, ad un lato dell'entrata principale del complesso centrale, tra due serpenti con testa di condor che scivolano verticalmente ai suoi lati. Il coltello e la testa tagliata che sostine nelle sue mani indicano che questo essere soprannaturale esigeva vite umane in sacrificio. Anche alcuni ambienti interni del tempio, presentano pitture murali e bassorilievi, e file di guerrieri in armi con processioni di prigionieri pronti per essere immolati adornano tutte le pareti della rampa d'accesso all'edificio principale.

Tra le due Huacas si estende un'area piana che durante molto tempo fu creduta essere occupata solamente da grandi piazze libere. Gli scavi piu' recenti hanno invece dimostrato che questo spazio in realta' e' pieno di costruzioni: praticamente una intera citta' nascosta sotto la sabbia. Un' ampia strada , parallela alla Huaca de la Luna, orientava il traffico umano separando l'area di culto da quella residenziale. Abitazioni costituite da vari ambienti si trovavano intorno a piccole piazze con un solo accesso, e vicino c'erano laboratori per la produzione di strumenti di culto, ceramica e oggetti in metallo. Per l'estensione e per l'ordinata e razionale pianificazione, il complesso archeologico sembra possedere un'apparenza inequivocabilmente urbana.